VALIDASI RUANG KOMPUTASI SENYAWA NATIVE TIDAK MEMENUHI ATURAN LIPINSKI MENGGUNAKAN PLANTS

Abstract

Taxol merupakan salah satu senyawa antikanker yang tidak mengikuti kaidah Lipinski. Bobot molekulnya yang melebihi 0,5 kDa disertai banyaknya akseptor dan donor ikatan hidrogen menjadikan senyawa ini dapat memiliki konformasi ruang melimpah. Kajian in silico ini ditujukan untuk melakukan validasi variasi ruang komputasi menggunakan PLANTS terhadap konformasi akhir komputasi docking dibandingkan dengan konformasi ruang senyawa native hasil pengukuran laboratorium. Program PLANTS digunakan untuk membatasi nilai RMSD Cluster ligan. Protein target yang digunakan merupakan protein Kinesin-8 manusia yang bertanggung jawab terhadap proses mitosis dengan kode PDB-ID 5oam, 5ocu, dan 5ogc. Semua program komputasi yang digunakan telah berhasil dijalankan di dalam sistem operasi Ubuntu 14.04, diantaranya adalah PLANTS versi 1.2, Chimera 1.12, PyMOL versi 2.1.0, dan PLIP 1.3.4. Pusat massa komputasi menggunakan koordinat pusat massa dari ligan native. Tidak ada satupun dari 7 variasi besaran radius grid bentuk sphere yang mampu menghasilkan konformasi molekul yang mirip dengan senyawa native. Hasil ini membuktikan bahwa pengujian molekul dengan konformasi ruang melimpah tidak dianjurkan untuk para penggiat komputasi pemula karena validasi ruang tidak mudah terpenuhi dan membuat hasil komputasi yang bias. Terlebih lagi konfigurasi grid-sphere dalam PLANTS tidak mendukung kombinasi koordinat ruang bentuk kubus. Program PLANTS dianjurkan untuk digunakan pada senyawa yang memenuhi aturan Lipinski.