VALIDASI RUANG KOMPUTASI SENYAWA NATIVE TIDAK MEMENUHI ATURAN LIPINSKI MENGGUNAKAN PLANTS

  • Broto Santoso
Keywords: Validasi Ruang Komputasi, Aturan Lipinski, PLANTS, TAXOL

Abstract

Taxol merupakan salah satu senyawa antikanker yang tidak mengikuti kaidah Lipinski. Bobot molekulnya yang melebihi 0,5 kDa disertai banyaknya akseptor dan donor ikatan hidrogen menjadikan senyawa ini dapat memiliki konformasi ruang melimpah. Kajian in silico ini ditujukan untuk melakukan validasi variasi ruang komputasi menggunakan PLANTS terhadap konformasi akhir komputasi docking dibandingkan dengan konformasi ruang senyawa native hasil pengukuran laboratorium. Program PLANTS digunakan untuk membatasi nilai RMSD Cluster ligan. Protein target yang digunakan merupakan protein Kinesin-8 manusia yang bertanggung jawab terhadap proses mitosis dengan kode PDB-ID 5oam, 5ocu, dan 5ogc. Semua program komputasi yang digunakan telah berhasil dijalankan di dalam sistem operasi Ubuntu 14.04, diantaranya adalah PLANTS versi 1.2, Chimera 1.12, PyMOL versi 2.1.0, dan PLIP 1.3.4. Pusat massa komputasi menggunakan koordinat pusat massa dari ligan native. Tidak ada satupun dari 7 variasi besaran radius grid bentuk sphere yang mampu menghasilkan konformasi molekul yang mirip dengan senyawa native. Hasil ini membuktikan bahwa pengujian molekul dengan konformasi ruang melimpah tidak dianjurkan untuk para penggiat komputasi pemula karena validasi ruang tidak mudah terpenuhi dan membuat hasil komputasi yang bias. Terlebih lagi konfigurasi grid-sphere dalam PLANTS tidak mendukung kombinasi koordinat ruang bentuk kubus. Program PLANTS dianjurkan untuk digunakan pada senyawa yang memenuhi aturan Lipinski.

References

Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., & Bourne P.E. (2000). The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. 28: 235-242.
Korb, O., Stützle, T., & Exner, T. E. (2009). Empirical Scoring Functions for Advanced Protein-Ligand Docking with PLANTS. J. Chem. Inf. Model. 49, 84-96.
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, & Ferrin TE. (2004). UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. J Comput. Chem. 25(13), 1605-12.
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and Schroeder M. PLIP: fully automated protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. 2015; 43 (W1): W443-W447. DOI: 10.1093/nar/gkv315.
Santoso, B., (2017). Pengaruh Volume Gridbox pada Docking Senyawa dalam Stelechocarpus Burahol terhadap Protein Homolog Antiinflamasi TRPV1. Prosiding URECOL VI, 321-328. Tersedia pada: .
Santoso, B., (2018). Pengaruh Residu Fleksibel terhadap Nilai Afinitas Ikatan Protein dengan Ligan Native-nya menggunakan PyRx-vina. Prosiding URECOL VII, 762-768. Tersedia pada: .
Stierand, K., Maaß, P., & Rarey, M. (2006). Molecular Complexes at a Glance: Automated Generation of two-dimensional Complex Diagrams. Bioinformatics, 22, 1710-1716.
The PyMOL Molecular Graphics System, Version 2.1.0 Schrödinger, LLC.
Volkamer, A., Kuhn, D., Grombacher, T., Rippmann, F., & Rarey., M. (2012). Combining global and local measures for structure-based druggability predictions. J. Chem. Inf. Model. 52,360-372.
Published
2019-01-21