Pengaruh Spesifikasi Laptop terhadap Hasil Docking FlexAID pada Produk Alami dan Anti Diabetes

Abstract

Laptop menjadi media komputasi yang portabel. FlexAID merupakan aplikasi docking berbasis PyMOL. Beberapa senyawa produk alami diujikan in silico pada target anti diabetes. Naskah ini ditujukan untuk menginformasikan hasil komputasi FlexAID antar laptop yang berbeda spesifikasi. FlexAID dalam aplikasi NRGSuite telah digunakan oleh 8 laptop dalam 3 kelompok protein dan ditambah 1 laptop yang sama dan disertakan di setiap kelompok dengan masing-masing 9 senyawa uji. Protein target, ligan, dan sistem docking adalah sama di setiap kelompok yang berbeda pada protein targetnya. Nilai RMSD native lebih dari 2 ditemukan pada 3 laptop di kelompok 3, namun laptop lainnya telah memenuhi nilai kesejajaran. Rentang nilai RSD (%) CF-score dan rasio secara berturut-turut untuk kelompok 1-3 adalah [3,66-25,25; 2,89-18,93], [2,44-37,35; 2,64- 35,94], dan [1,99-16,81; 4,26-16,97]. Perolehan RSD CF-score native masih di bawah 10% dimana nilai terendah didapati pada kelompok 2 sedangkan untuk 9 ligan setiap kelompok terdapat 2, 5 dan 6 senyawa yang berada di bawah nilai ini. Laptop dengan spesifikasinya mempunyai peranan penting dalam perhitungan docking FlexAID yang dimungkinkan pula dapat terjadi pada aplikasi lainnya yang serupa. Terdapat 2 senyawa potensial pada kelompok 1 dan 3 dengan nilai CF-score lebih baik dibandingkan dengan native.