Interaksi Molekulersecara 3D Senya water kandung dalam Kemenyan Jawa dan Adas Bintang sebagai Inhibitor Protein Sintase 2dari 3-Oksoasil-[Protein- Pembawa-Asil]Mycobacterium tuberculosis

Abstract

Komputasi, salah satunya adalah docking, mendorong penemuan obat
baru menjadi lebih cepat dan mengurangi faktor ketidakpastian dalam
uji laboratorium. Metode docking telah dilakukan untuk senyawa
dalam kemenyan jawa dan adas bintang terhadap sintase 2 dari 3-
oksoasil-[Protein-Pembawa-Asil]Mycobacterium tuberculosis. Protein
dipisahkan dari residu dan diambil ligan uniknya menggunakan
Chimera. Kemudian proses dilanjutkan dengan docking menggunakan
PyRx Vina autodock. Hasil docking dievaluasi dan dianalisis nilai
kedekatan afinitas ikatan dan keterlibatan residu dalam interaksi
ligan-protein dibandingkan dengan hasil ligan native. Penggambaran
interaksi antara ligan dengan protein dapat dilihat menggunakan
PyMol dan PLIP (Protein-Ligand Interaction Profiler). Senyawa
dalam adas bintang dan kemenyan jawa terbukti memiliki kedekatan
afinitas yang lebih baik dibandingkan ligan natif itu sendiri. Senyawa
yang aktif ini terdapat dalam adas bintang maupun kemenyan jawa.
Senyawa aktif dalam kemenyan jawa yang memiliki aktivitas terhadap
protein target 4C6W dan 4C70 adalah asam oleanolat dan 5,5
bivanilin dengan nilai afinitas (-6,6) dan (-8,8), sedangkan pada adas
bintang berupa senyawa hinokiol dan mairin dengan nilai afinitas (-
6,2) dan (-8,9). Residu dari senyawa yang dihasilkan berupa interaksi
hidrofobik dan ikatan hidrogen, dalan senyawa asam oleanolat, dan
interaksi hidrofobik dan ikatan hidrogen, dalam 5,5 bivanilin. Dalam
ligan natif, terdapat residu berupa interaksi hidrofobik, ikatan
hidrofen, jembatan air, dan jembatan garam. Sehingga, belum
ditemukan kesamaan residu antara ligan natif dengan senyawa yang
dituju. Hal ini dapat disimpulkan bahwa belum ada potensi senyawa
sebagai inhibitor dari protein sintase 2 dari 3-oksoasil dalam bakteri
Mycobacterium tuberculosis.