Profil in silico Interaksi Senyawa Alam ketumbar dan Adas Bintang sebagai Inhibitor Peptida Deformilase Mycobacterium tuberculosis (3SVJ dan 1WS1) menggunakan Bantuan PyRx-Vina

Abstract

Pencarian profil interaksi molekular senyawa alam ketumbar dan adas
bintang secara in silico telah dilakukan terhadap protein peptida
deformilase bakteri TB (3SVJ; 1WS1). Tujuan dari penelitian adalah
untuk menganalisis potensi tanaman herbal sebagai anti tuberculosis
melalui docking molekuler. Langkah yang dikerjakan adalah preparasi
ligan-protein, docking, visualisasi, dan analisis hasil. Afinitas ikatan
antara adas bintang dengan 1ws1_protein (Heriguard), adas bintang
dengan 3svj_protein (Heriguard), ketumbar dengan 1ws1_protein
(alpha humulene) dan ketumbar dengan 3svj_protein (2-methylene
cyclopenatonol) menghasilkan binding affinity dengan nilai berturutturut
-7,9;-7,5;-6,4 dan -6,8 kkal/mol sedangkan ligan native pada
3SVJ dan 1WS1 binding affinitynya ditunjukkan dengan nilai -7,3
hingga -,8,7 kkal/mol. Mengacu pada nilai binding affinity tersebut,
hanya Adas bintang yang berpotensi sebagai anti tuberkulosis karena
nilai yang hampir sama dibandingkan dengan ligan native. Nilai
binding affinity yang paling kecil menunjukkan bahwasanya energi
dari senyawa aktif untuk mengikat protein lebih kecil sehingga
diharapkan dapat lebih efektif sebagai anti tuberkulosis. Sedangkan
ketumbar interaksinya mirip dengan native, sehingga bisa dijadikan
sebagai ligan penuntun. Namun semuanya perlu diujikan kembali
dengan berbagai kondisi komputasi virtual lainnya untuk memastikan
dugaan pertama ini.