Kemampuan Ikatan 3D Molekular Suket Gajahan dan Adas Bintang terhadap Sintetase Pantotenat Mycobacterium tuberculosis
Keywords:
tuberkulosis, suket gajahan, adas bintangAbstract
Protein pantothenate synthetase dari M. tuberculosis(4MUE; 4MUF)
merupakan target potensial untuk pengobatan tuberculosis melalui
mekanisme inhibisi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mencari
molekul dari alam yang dapat menghambat M. tuberculosis. Ligan
yang berasal dari alam (suket gajahan dan adas bintang) dilakukan
skrining untuk diperoleh kemampuan ikatan 3D molekularnya
menggunakan Pyrx-vina. Analisis pendukung hasil docking dilakukan
dengan PLIP dan PyMOL. Afinitas ikatan ligan uji terbaik suket
gajahan (mol005751 dan rutin) dan adas bintang (terragon dan
mol008479) terhadap protein 4MUE dan 4MUF berturut-turut adalah
sebesar -9,4; -9,6 dan -8,9; -8,7 kkal/mol. Hal ini menunjukkan bahwa
afinitas pada ikatan ligan uji sama besar dibandingkan dengan afinitas
ligan native dari masing-masing protein target, namun didapati residu
yang bertanggung jawab terhadap interaksi ligan-protein yang terjadi
pada ligan uji tidak sama dengan native.
References
Plants. Jakarta: ASEAN Secretariat. Halaman 325-326.
Anerjee, M., dan Miro, M. (2001). Actividad Antimicrobiana de Illicium verum Hook. f. Spain:
Granada. Ars Pharmaceutica 42(3A): 209-220.
Berman HM, Westbrook J, Feng Z, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H, Shindyalov IN, and
Bourne PE. (2000) The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. 2000; 28: 235-242.
Bunrathep, S, Songsak, T dan Ruangrungsi, N. (2005). Terpenoid Contituents From Leaves and
Cell Cultures Of Artemesia Vulgaris Var. Indica And Application Of Biotechnological
techniques To Increase Davanone Level. 12 (1). 147-153.
Dallakyan S, and Olson AJ. (2015). Small-Molecule Library Screening by Docking with PyRx.
Methods Mol Biol. 1263:243-50.
Jackowski, S. (1996) Biosynthesis of Pantothenic Acid and Coenzyme A in Escherichia coli and
Salmonella typhimurium: Cellular and Molecular Biology, 2nd ed., Vol. 1, (p. 687-694).
Washington DC: American Society for Microbiology.
Judzentiene, A dan Buzelyte, j. (2006). Chemical Composition Of Esssential Oils Of Artemisia
Vulgaris L. (mugwort) Form North Lithuania. 8 (1). 12-15
Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J (2004). "Docking and scoring in virtual screening
for drug discovery: methods and applications". Nature Reviews. Drug Discovery. 3 (11):
935–49.
Kumar, V., Abbas, A.K., Fausto, N. and Mitchell, R.N. (2007). Robbins Basic Pathology. 8th
Edition, (p. 516-522). Saunders Elsevier, Philadelphia.
Lengauer T, Rarey M (1996). "Computational methods for biomolecular docking". Current
Opinion in Structural Biology. 6 (3): 402–6.
O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vandermeersch T, and Hutchison GR. (2011).
Open Babel: An open chemical toolbox. J. Cheminformatics. 3: 33. DOI: 10.1186/1758-
2946-3-33.
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE.
(2004). UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. J
Comput Chem. 25(13): 1605-12.
Ru, J., Li, P., Wang J., Zhou, W., Li, B., Huang, C., Li, P., Guo, Z., Tao, W., Yang, Y., Xu, X.,
Li, Y., Wang, Y., and Yang L. (2014) TCMSP: a database of systems pharmacology for
drug discovery from herbal medicines. J Cheminformatics. 6(1):13. DOI: 10.1186/1758-
2946-6-13
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Rosana Dhian Pinasthi
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
