olecular Docking of Natural Product in Achyranthes asperaandAnisi stellati on Mycobacterium tuberculosisProtein (5IBD and 5IBE)
Keywords:
Docking, Mycobacterium tuberculosis, Achyranthes aspera, Anisi stellatiAbstract
Penyakit TBC merupakan salah satu penyakit infeksi berbahaya dalam
penyebarannya dikarenakan mudah menular. Kekayaan senyawa alam
diharapkan dapat mengatasi resistensi pengobatan TBC. Bakteri
Mycobacterium tuberculosis melalui Sitokrom P450-121 (5IBD; 5IBE)
telah dijadikan protein target docking secaramolekularuntuk senyawa
alam yang terdapat dalam Achyranthes aspera dan Anisi stellati
menggunakan PyRx-vina. Penelitian ini bertujuan untuk mencari
senyawa alam yang dapat menghambat pertumbuhan Mycobacterium
tuberculosis.Nilai binding affinity terbaik Copaene dan MOL008479
dari Anisi stellati serta Ardisiacrispin A dan B dari Achyranthes
aspera terhadap 5IBD dan 5IBE secara berurutan yaitu -7,9; -8,6 dan -
8,7; -9,2 kkal/mol. Nilai ini lebih kecil jika dibandingkan dengan nilai
senyawa native dari masing-masing protein. Terdapat kesamaan
residu Asn74 dan Thr77 pada jenis interaksi ikatan hidrogen antara
senyawa native dengan Anisi stellati. Dengan adanya kesamaan residu
dan nilai binding affinity yang kecil senyawa alam dalam Achyranthes
aspera dan Anisi stellati dapat dikembangkan menjadi salah satu obat
TBC.
References
Methods Mol Biol. 2015; 1263:243-50.
Dipiro J. T., et al, 2008, Pharmacotherapy, A Pathophisiology Approach 7th Edition, T. Dipiro,
New York, Mc Grow-Hill
Gupta, Subha, et al, 2013, Antimicrobial Activity of Achyranthes aspera Against Some Human
Pathogenic Bacteria and Fungi, Int. J. Pharmacol. Bio. Sci, Vol 7 (2):43-54
M. Manjula, V. Indira, P. Dhasarathan, 2009, Asian Journal of Microbiology, Biotechnology &
Environmental Sciences, 11(2), 365-368.
Meles, Dewa Ketut, et al, 2014, Efek Antimitogenik Fraksi Alkaloid Achyranthes aspera Linn.
Terhadap Induksi Apoptosis pada Mencit yang Terinfeksi Mycobacterium tuberculosis,
Acta Veterinaria Indonesiana, Vol 3 (1): 8-15
Nunn, P., Williams, B., Floyd, K., Dye, C., Elzinga, G., & Raviglione, M, 2005, Tuberculosis
control in the era of HIV,Nature Reviews Immunology, 5, 819–826
O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vandermeersch T, and Hutchison GR. Open
Babel: An open chemical toolbox. J. Cheminformatics. 2011; 3: 33. DOI:
10.1186/1758-2946-3-33
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE. UCSF
Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. J Comput Chem.
2004; 25(13): 1605-12
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics. Diakses pada 23 Desember 2017.
https://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=5IBD
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics. Diakses pada 23 Desember 2017.
https://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=5ibe
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and Schroeder M. PLIP: fully automated
protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. 2015; 43 (W1): W443-W447. DOI:
10.1093/nar/gkv315
Srivastav, Saurabh, Pradeep Singh, Garina Mishra, K. K. Jha, R. L. Khosa, 2011, Achyranthes
aspera-An Important Medicinal Plant: A Review, J. Nat. Prod. Plant Resour., 1(1):1-14
The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.8 Schrödinger, LLC
Trott O. The Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute – AutoDock Vina is an
open-source program for doing molecular docking. 2010. [cited 2017].Dapat diakses
pada laman: http://vina.scripps.edu/index.html
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Ana Akrima Dzurida
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
