Hasil Komputasi Vina untuk Kandungan Bawang Putih dan Adas Bintang Terhadap Protein Dehidrogenase Piruvat Mycobacterium tuberculosis

Abstract

Tuberculosis merupakan salah satu penyebab kematian terbanyak di
dunia. Penyakit ini disebabkan oleh Mycobacerium tuberculosis.
Inovasi perlu dilakukan melihat potensi tuberculosis multi-drug
resistant (TB MDR) yang meningkat. Molecular docking dilakukan
terhadap target jalur Pyruvate dehydrogenase (PDH) dengan varian
protein 4MP2 dan 4MP7, senyawa aktif yang digunakan adalah
turunan bawang putih (Allium sativum). . Penelitian ini bertujuan
untuk mencari senyawa alam yang dapat menghambat pertumbuhan
Mycobacterium tuberculosis. Protein dipisahkan dari residu dan
diambil unique-ligand (PV1 dan TLA) dari protein tersebut
menggunakan Chimera. Perolehan binding affinity sebagai
kuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukan dengan PyRx
metode Vina Autodock. Visualisasi interaksi ligan-protein dihasilkan
dengan Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP) dan
PyMol.Senyawa aktif dan ikatan ligan dengan protein adas bintang
dengan 4MP2 (kaempferol), bawang putih dengan 4MP2 (quercetin),
adas bintang dengan 4MP7(Benzaldoxime), dan bawang putih dengan
4MP7 (Benzaldoxime) berturut-turut memiliki binding affinity sebesar
-7,4; -5,9; -7,3; dan -5,8 sedangkan ligan native pada 4MP2 dan 4
MP7 memiliki binding affinity -4,2 sampai -4,5. Nilai binding affinity
yang paling kecil menunjukkan efektifitas sebagai anti tuberkulosis,
disimpulkan bahwa dengan adanya kesamaan residu dan nilai binding
affinity yang kecil senyawa alam dalam adas bintang lebih berpotensi
dibanding bawang putih, adas bintang dapat dikembangkan menjadi
salah satu obat tuberculosis