Kajian Ikatan 3D Molekuler Senyawa Terpilih Ketumbar (Coriandrum sativum) dan Adas Bintang (Anisi Stellati) terhadap sintase 6,7-dimetil-8-ribitillumazin (2VI5, 2C92) Mycobacterium tuberculosis
Keywords:
Mycobacterium tuberculosis, Coriandrum sativum, Anisi stellati, Molecular DockingAbstract
Tuberkulosis merupakan satu dari 10 terbanyak penyebab kematian di
dunia. Tahun 2016, 10,4 juta orang terkena TB, dan 1,7 juta
diantaranya meninggal dunia. Metode docking molekuler berperan
penting dalam perencanaan, perancangan, dan penemuan obat baru.
Tujuan dari penelitian adalah untuk menganalisis potensi tanaman
herbal sebagai anti tuberculosis melalui docking molekuler. Docking
molekuler dilakukan dengan program PyRx-vina terhadap protein
target sintase 6,7-dimetil-8-ribitillumazin (2VI5, 2C92)
Mycobacterium tuberculosis untuk ligan dari ketumbar (Coriandrum
sativum) dan adas bintang (Anisi stellati) dan ligan native masingmasing
protein, TP6 dan Y19. Hasil yang didapat dilihat dari nilai
binding afinity. Semakin kecil nilai binding afinity semakin kecil juga
energi yang dibutuhkan untuk berikatan dengan protein sehingga lebih
efektif sebagai anti TBC. Sebelum dilakukan docking molekuler
dilakukan validasi terlebih dahulu terhadap ligan native TP6 dan Y19
untuk menilai kelayakan metode yang digunakan. Ligan terbaik yang
didapat dari ketumbar dari hasil docking protein 2VI5 adalah ligla
(binding afinity -4) dan 2C92 adalah EIC (binding afinity -6,4).
Sedangkan untuk adas bintang, hasil docking protein 2VI5 didapatkan
ligan terbaik kaemferol (binding afinity -7,3) dan ligan terbaik 2C92
adalah 5,7-dihidroxy-2-(4-hydroxyphenil)-3-[(2R, 3R, 4S, 5R, 6R)-
3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxychromen-4-one
(binding afinity -9). Terdapat residu dalam interaksi antara ligan uji
dari adas bintang dengan protein 2C92 yang mempunyai kemiripan
dengan residu dari interaksi antara ligan native TP6 dengan protein
2C92 yaitu ALA 59 dan TRP 27. Hal ini berarti ada kemungkinan adas
bintang bisa digunakan sebagai obat TBC.
References
Bourne PE. (2000) The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. 2000; 28: 235-242.
Cantore P. LO, Iacobellis N.S., Marco A. DE, Capasso F., Senatore F., Lo Cantore P., Iacobellis
N.S., De Marco A., Capasso F. and Senatore F., 2004, Antibacterial activity of
Coriandrum sativum L. and Foeniculum vulgare Miller Var. vulgare (Miller) essential
oils., Journal of agricultural and food chemistry, 52 (26), 7862–7866.
Dallakyan S, and Olson AJ. Small-Molecule Library Screening by Docking with PyRx.
Methods Mol Biol. 2015; 1263:243-50
Dar A.M. and Mir S., 2017, Molecular Docking: Approaches, Types, Applications and Basic
Challenges, Journal of Analytical & Bioanalytical Techniques, 8 (2), 8–10.
Ferreira L.G., Dos Santos R.N., Oliva G. and Andricopulo A.D., 2015, Molecular docking and
structure-based drug design strategies,
Guedes I.A., de Magalhães C.S. and Dardenne L.E., 2014, Receptor-ligand molecular docking,
Biophysical Reviews, 6 (1), 75–87.
Luthfiyah Y., 2014, PEMODELAN TIGA DIMENSI (3D) IKATAN HASIL DOCKING
MOLEKULAR TURUNAN DIKETOPIPERAZIN (DKP) DENGAN Bcl-2 PADA SEL
MCF-7, Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Matasyoh J.C., Maiyo Z.C., Ngure R.M. and Chepkorir R., 2009, Chemical composition and
antimicrobial activity of the essential oil of Coriandrum sativum, Food Chemistry, 113
(2), 526–529.
O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vandermeersch T, and Hutchison GR. Open
Babel: An open chemical toolbox. J. Cheminformatics. 2011; 3: 33. DOI:
10.1186/1758-2946-3-33
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE. UCSF
Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. J Comput Chem.
2004; 25(13): 1605-12.
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and Schroeder M. PLIP: fully automated
protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. 2015; 43 (W1): W443-W447. DOI:
10.1093/nar/gkv315
Sanou A., Bañuls A.-L., Van Anh N.T. and Godreuil S., 2015, Mycobacterium tuberculosis:
ecology and evolution of a human bacterium, Journal of Medical Microbiology, 64 (11),
1261–1269.
Silva F., Ferreira S., Queiroz J.A. and Domingues F.C., 2011, Coriander (Coriandrum sativum
L.) essential oil: its antibacterial activity and mode of action evaluated by flow
cytometry, Journal of Medical Microbiology, 60 (2), 1480.
The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.8 Schrödinger, LLC
Trott O. The Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute – AutoDock Vina is an
open-source program for doing molecular docking. 2010. [cited 2017]. Dapat diakses
pada laman: http://vina.scripps.edu/index.html
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Karunia Dinda Ananta, Broto Santoso
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
