Metode Docking untuk Aktivitas Virtual Adas Bintang terhadap Protein Dehidratase 3-Dehidrokuinat (3n76) dan Dehidrokuinase tipe II (4ki7) sebagai Anti-tuberkulosis
Keywords:
Adas bintang, Anisi stellati, mycobacterium tubercullosisAbstract
Tuberkulosis(TB) telah menyerang 680.000 penduduk Indonesia di
tahun 2011. Adas bintang (Anisi stellati) memiliki kemampuan sebagai
penyegarkan nafas, dan antibakteri serta anti jamur terhadap asma,
bronkitis, dan batuk kering. Penelitian ini dilakukan untuk menguji
aktivitas dari adas bintang (Anisi stellati) terhadap protein 3n76 dan
4ki7 untuk mengatasi TB. Docking dilakukan terhadap protein
dehidratase 3-dehidrokuinat (3n76) dan dehidrokuinase tipe II (4ki7)
Mycobacterium tuberculosis dan ligan dari adas bintang (Anisi
stellati). Protein dan ligan dipisahkan menggunakan aplikasi Chimera.
PyRx Vina-AutoDock digunakan untuk mengetahui interaksi antara
ligan dan protein. Interaksi ligan dengan protein dikonversi
menggunakan PLIP dan PyMOL. Hasil komputasi menunjukkan
bahwa ligan yang terkandung dalam adas bintang memiliki afinitas
ikatan dengan kedua protein (3n76; 4ki7) Mycobacterium tuberculosis.
Skor docking ligan tereftaldehid dan mairin dari adas bintang
terhadap protein 3n76 dan 4ki7 berturut-turut memiliki afinitas ikatan
sebesar -9,7 dan -8,9 kkal/mol. Aktifitas tersebut lebih baik dibanding
dari ligan native 3n76 dan 4ki7 terhadap proteinnya masing-masing
yaitu sebesar -5,7 dan -7,5 kkal/mol. Hasil yang diperoleh
menunjukkan bahwa ligan tereftaldehid dan mairin dari adas bintang
memiliki aktivitas sebagai anti-tuberkulosis..
References
(Illicium verum Hook f), Phytotherapy Research, pp.95-95.
Dallakyan S, and Olson AJ. Small-Molecule Library Screening by Docking with PyRx.
Methods Mol Biol. 2015; 1263:243-50
Fauzan, A., Ahmadi U.F., and Susanna, D., 2014, Analisis Sosial Penyakit Tuberkulosis Paru
BTA Positif di Kota Sukabumi Tahun 2010-2012, Fakultas Kesehatan Masyarakat
Universitas Indonesia, pp. 1-19.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, 2011, Pedoman Nasional Pengendalian
Tuberkulosis, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, Jakarta.
O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vandermeersch T, and Hutchison GR. Open
Babel: An open chemical toolbox. J. Cheminformatics. 2011; 3: 33. DOI:
10.1186/1758-2946-3-33
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE. UCSF
Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. J Comput Chem.
2004; 25(13): 1605-12.
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and Schroeder M. PLIP: fully automated
protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. 2015; 43 (W1): W443-W447. DOI:
10.1093/nar/gkv315
The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.8 Schrödinger, LLC
Trott O. The Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute – AutoDock Vina is an
open-source program for doing molecular docking. 2010. [cited 2017]. Dapat diakses
pada laman: http://vina.scripps.edu/index.html.
Van Steenis, C.G., (1975). Flora Voor de Scholen in Indonesie, diterjemahkan oleh
Sorjowinoto, M., edisi VI, Jakarta: PT. Pradnya Paramitha.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Yurnanda Ambar Mustika, Broto Santoso
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
