Docking Molekular Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan bantuan PyRx-vina
Keywords:
Tuberkulosis, ada s bintang, patikan kebo, PyRx-vinaAbstract
Tuberkulosis disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan angka
kejadian di negara berkembang dan berpenghasilan rendah mencapai
95 % dan di Indonesia, didapati 60% dari total prevalensi dengan laju
1 juta kasus tiap tahunnya. Potensi antituberkulosis pada senyawa
alam dari adas bintang dan patikan kebo telah dilaporkan efektif.
Penambatan senyawa dilakukakan terhadap sintase 1-deoksi-Dksilulosa-
5-fosfat (2Y1D,3ZHZ) yang merupakan protein yang
memiliki ikatan target dengan M. tuberkulosis. Pemisahan protein dan
ligan menggunakan Chimera-OpenBabel. Besaran interaksi liganprotein
berdasarkan nilai binding affinity yang diperoleh dari PyRx
Vina-AutoDock. Interaksi protein-ligan divisualisasi dengan PLIP
(Protein-Ligan Interaction Profiler) dan PyMOL. Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui potensi anti-tuberkulosis berdasarkan
jenis ikatan yang timbul dari interaksi terbaik ligan-protein dan nilai
binding affinity. Hasil docking menunjukkan ligan native 2YID dan
3ZHZ memiliki binding affinity sebesar -7,5 dan -11 kkal/mol. Hasil
ini menunjukkan bahwa senyawa terbaik patikan kebo dan adas
bintang memiliki nilai yang lebih rendah untuk kedua protein secara
berurutan adalah -5,1; -7,4; -4,1; dan -7,1 kkal/mol. Lisin, serin,
treonin, glisin, dlutamin, dan asparagin merupakan residu asam amino
yang menyebabkan interaksi hidrogen antara ligan-protein. Hal ini
memperlihatkan bahwa ligan patikan kebo dan adas bintang diprediksi
kurang berpotensi sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-
fosfat .
References
Depkes RI,(2005). Pharmaceutical Care Untuk Penyakit Tuberkulosis,Departemen Kesehatan
Republik Indonesia, Jakarta , 1–110.
Depkes RI. (2015). Profil Kesehatan Indonesia. Departemen Kesehatan Republik Indonesia.
Jakarta.
Dipiro, J. T., Talbert, R. L., Yee, G. C., Matzke, G. R., Wells, B. G., & Posey, L. M.( 2005).
Pharmacotherapy A Phatopsyologic Approch (7ed.).New York: The MCGraw-Hill
companies, Inc.
Euphorbia pilulifera) : A review. IOSR Journal Of Pharmacy
Kemenkes RI. (2016). Penanggulangan Tuberkulosis, Kementrian Kesehatan Repiblik
Indonesia,Jakarta.
Kemenkes RI. (2011). Strategi nasional pengendalian tb di indonesia 2010-2014. Kementrian
Kesehatan Republik Indonesia. Jakarta.
Morris, G. M., Goodsell, D. S., Pique, M. E., Lindstrom, W., Huey, R., Forli, S., Olson, A. J.
2009. Automated Docking of Flexible Ligands to Flexibe; Receptor. La Jolla,
California, U.S.A:The Scripps Research Institute.
Mukesh, B., & Rakesh, K. 2011. Molecular Docking: A Review, IJRAP.
Rajasekar, T.V., Anbarasu ,S., Manikkam, R., Joseph, J., Kumar, V. (2015). Inhibitory
activity of Euphorbia hirta (Tawa- tawa) extracts against Mycobacterium tuberculosis
and other non mycobacterial pathogens. Der Pharma Chemica 7(8):213-216.
Sergio, O.A., Fabiola, V. C., Gualdalupe, M. N., Blanca, C. R.M., Leon, O. C.,. (2013).
Evaluation of antimycobacterium activity of the essential oils of cumin (Cuminum
cyminum), clove (Eugeniacaryophyllata), cinnamon (Cinnamomum verum), laurel
(Laurus nobilis) and anis (Pimpinella anisum) against Mycobacterium tuberculosis.
Journal of Biochemistry.
Sieniawska, E., Ossor, M Swatko., Sawicki, Rafal., Ginalska, G.,. (2015). Morphological
Changes in the Overall Mycobacterium tuberculosis H37Ra Cell Shape and Cytoplasm
Homogeneity due to Mutellina purpureaL. Essential Oil and Its Main Constituents.
Department of Pharmacognosy with Medicinal Plant Unit, Medical University of Lublin
Chodzki 1. Poland.
WHO. (2016). Tuberculosis. World Health Organisation. Diakses dari: http://www.who.
int/mediacentre/factsheets/fs104/en/.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Rinna Agustina, Broto Santoso
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
