Uji Aktivitas Antituberkulosis Senyawa Alam Daun Jeruk Keprok (Citrus reticulata) dan Adas Bintang (Anisi stellati) terhadap reduktoisomerase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan Metode Komputasi Docking Molekuler
Keywords:
Tuberkulosis, jeruk keprok, adas bintang, docking molekuler, PyRx-vina, reduktoisomerase 1-deoksi-Dksilulosa 5-fosfatAbstract
Tahun 2016 terdapat 1,7 juta orang meninggal dari 10,4 juta orang
yang terjangkit tuberkulosis. Penelitian sebelumnya telah melaporkan
bahwa senyawa alam jeruk keprok memiliki aktivitas antimikroba pada
beberapa bakteri gram positif dan gram negatif; sedangkan senyawa
alam adas bintang dilaporkan tidak memiliki aktivitas antimikroba,
akan tetapi dapat diharapkan minyak esensialnya mempunyai aktivitas
antibakteri. Uji antituberkulosis dilakukan dengan membandingkan
interaksi ligan-protein kedua senyawa alam tersebut dengan molekul
poten yang telah ada menggunakan metode docking molekuler.
Preparasi protein telah dilakukan menggunakan Chimera.
Penambatan senyawa terpilih dilakukan terhadap molekul 3ZHY dan
3ZHZ yang memiliki aktivitas inhibisi terhadap reduktoisomerase 1-
deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dari Mycobacterium tuberculosis. Profil
interaksi ligan-protein dan visualisasinya dihasilkan dari PLIP
(Protein-Ligand Interaction Profiler) dan PyMOL. Hasil docking ligan
native masing-masing protein diperoleh -7,7 dan -8,7 kkal/mol.
Senyawa alam adas bintang Astragalin dan MOL008479 memiliki nilai
binding affinity tertinggi pada protein 3ZHZ dan 3ZHY, yaitu -7,8 dan
-8,1 kkal/mol. Sedangkan senyawa alam daun jeruk keprok
MOL004746 memiliki nilai binding affinity tertinggi pada protein
3ZHY dan 3ZHZ, yaitu -4,9 dan -5 kkal/mol. Tidak dihasilkan
senyawa alam yang dapat memberikan aktivitas inhibisi lebih baik dari
ligan native. Senyawa alam dikatakan memiliki aktivitas lebih baik
dari ligan native jika memiliki binding affinity lebih kecil dari ligan
native.
References
Penerapannya di Indonesia. Hak Cipta © 2004 oleh M. Abdushshomad Elfaizi dan Dwi
Astuti Aprijani.
Berman HM, et al., 2000. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. 2000; 28: 235-242.
Dallakyan S, and Olson AJ. Small-Molecule Library Screening by Docking with PyRx.
Methods Mol Biol. 2015; 1263:243-50.
EMEA, 2000. Committee For Veterinary Medicinal Product: Anisi stellati Fructus Summary
Report. The European Agency for the Evaluation of Medicinal Product, Veterinary
Medicines and Information Technology Unit. EMEA/MRL/710/99-FINAL. January
2000.
DHNLR, 2016, Penambatan Molekul (Molecular Docking): Pengenalan, Submitted by dhnlr on
Wed, 16/11/2016 - 16.08, Terdapat di: https://dhnlr.com/tekno/penambatan-molekulmolecular-
docking-pengenalan, [Diakses pada 24 Desember 2017].
Jansson, A.M., et al., 2013. DXR Inhibition by Potent Mono- and Disubstituted Fosmidomycin
Analogues. Journal of Medicinal Chemistry. dx.doi.org/10.1021/jm4006498 | J. Med.
Chem. XXXX, XXX, XXX?XXX.
Javed, S., et al., 2014. Phytochemistry, GC-MS Analysis, Antioxidant and Antimicrobial
Potential of Essential Oil From Five Citrus Species. Journal of Agricultural Science; Vol.
6, No. 3; 2014, ISSN 1916-9752 E-ISSN 1916-9760. Published by Canadian Center of
Science and Education.
O'Boyle NM, Banck M, James CA, Morley C, Vandermeersch T, and Hutchison GR. Open
Babel: An open chemical toolbox. J. Cheminformatics. 2011; 3: 33. DOI: 10.1186/1758-
2946-3-33.
Pettersen E.F., et al., 2004. UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and
analysis. J Comput Chem. 2004; 25(13): 1605-12.
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and Schroeder M. PLIP: fully automated
protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. 2015; 43 (W1): W443-W447. DOI:
10.1093/nar/gkv315.
Santosoa, B., Hanwar, D., Suhendi, A., Kusumowati, I.T.D., and Melannisa, R., 2014. Docking
Molekular Terbalik dari Senyawa Zerumbon. Prosiding Simposium Penelitian Bahan
Obat Alami [SPBOA] XVI & Muktamar XII PERHIPBA, 23-24 April 2014, 464-474.
Santosob, B., As Sabiq, M.R., Da’i, M., Hanwar, D., Suhendi, A., 2014. Penilaian Hasil
Molecular Docking Turunan Zerumbon Sebagai Inhibitor Ptp1b Menggunakan Dock6.
Prosiding Seminar Nasional Current Challenges in Drug Use and Development
Tantangan Terkini Perkembangan Obat dan Aplikasi Klinis.
The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.8 Schrödinger, LLC.
Trott O. The Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute – AutoDock Vina is an
open-source program for doing molecular docking. 2010. [cited 2017]. Dapat diakses
pada laman: http://vina.scripps.edu/index.html.
World Health Organization, 2017, Tuberculosis, Fact sheet, Updated October 2017, Terdapat di:
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs104/en/, [Diakses pada 24 Desember 2017].
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Afzalur Rahman, Broto Santoso
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
