Kajian in silico Senyawa yang terkandung dalam Jeruk Pahit dan Adas Bintang terhadap Ribosa-5-Fosfat Isomerase B Mycobacterium tuberculosis (2VVO, 2VVP)menggunakan PyRx Vina-Autodock

Abstract

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab penyakit
tuberkulosis yang sampai sekarang masih menjadi permasalahan
penyakit utama di Indonesia dengan potensi tuberculosis multi-drug
resistant (TB MDR) yang meningkat. Kajian in silico dilakukan
terhadap target tuberkulosis jalur ribose-5-phospaye isomerase B
denganvarian protein 2VVO dan 2VVP. Senyawa aktif yang dipakai
pada kajian in silico ini adalah dari turunan jeruk pahit (Citrus
aurantium). Protein dipisahkan dari residu dan diambil unique-ligand
dari protein tersebut menggunakan Chimera. Perolehan binding
affinity sebagai kuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukan
dengan PyRx metode Vina Autodock. Visualisasi interaksi liganprotein
dihasilkan dengan Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)
dan PyMol. Hasil docking menunjukkan bahwa 4 ligand native 1 dan 2
(2VVO & 2VVP) memiliki nilai binding affinity sebesar -5,1 sampai -
5,9 kkal/mol. Dua senyawaterbaik adas bintang yakni asam salisilat
memiliki binding affinity -4,7 kkal/mol yang tidak lebih baik
dibandingkan ligand native, sementara lainnya yaitu heriguard
memiliki nilai binding affinity -5,6 kkal/mol, hal ini lebih baik dari dua
ligand native dan tidak lebih baik dari dua ligand native lainnya, adas
bintang memiliki kesamaan interaksi residu dengan ligand native
berupa HIS 12, GLY 70, GLY 72, SER 71, ASN 73, GLU 75, dan ARG
113. Sementara, untuk senyawa terbaik jeruk pahit (hesperidin dan
limonin) memiliki binding affinity lebih baik dari semua ligand native
dengan nilai masing-masing -6,9 kkal/mol dan -7 kkal/mol dengan
kesamaan interaksi residu HIS 12, GLY 70, SER 71, GLY 72, GLY 74,
GLU 75, ARG 113. Nilai binding affinity yang paling kecil (dalam hal
ini jeruk pahit) menunjukkan bahwasanya energi dari senyawa aktif
untuk mengikat protein lebih kecil sehingga diharapkan dapat lebih
efektif sebagai anti tuberkulosis.
Mycobacterium tuberculosis is a tuberculosis-causing bacteria that is
still a major disease problem in Indonesia with the potential for
increased multi-drug resistant tuberculosis (MDR TB). The silico study
was conducted on the target of ribose-5-phospaye isomerase B
pathogen tuberculosis with variant of 2VVO and 2VVP proteins. The
active compounds used in this silico study are from bitter orange
derivatives (Citrus aurantium). The protein is separated from the
residue and taken unique-ligand from the protein using Chimera. The
acquisition of affinity bindings as quantification of interactions
between protein-ligand is done with PyRx method of Vina Autodock.
Visualization of ligand-protein interactions is generated with Protein-
Ligand Interaction Profiler (PLIP) and PyMol. The docking results