Afinitas Ikatan Senyawa Dalam Kulit dan Biji Buah Jeruk Keprok serta Adas Bintang terhadap sintase III 3-oksoasil-[asil-carrier-protein] dan Reduktase Enoyl-ACP (InhA) Myobacterium tuberculosis
Keywords:
Molecular Docking, Citrus reticulata, 3-oxoacyl-[acylcarrier- protein] synthase III, Enoyl-ACP Reductase (InhA), Enoyl-ACP ReductaseAbstract
Tuberculosis (TB) merupakan infectious killer yang disebabkan oleh
Myobacterium tuberculosis. Temuan kasus TB hingga tahun 2015 di
Indonesia berdasarkan case notification rate (CNR) sebesar 117 kasus
per 100.000 penduduk. Infeksi bakteri Myobacterium tuberculosis
dapat berkembang menjadi multi drug resistence (MDR). Peningkatan
kasus MDR-TB menjadi perhatian penting karena jumlah kasus MDRTB
tidak sebanding dengan jumlah pasien yang terobati. Tujuan
penelitian ini yaitu untuk mengetahui afinitas ikatan ligan dari adas
bintang, kulit buah dan biji buah jeruk keprok terhadap protein target
2x22 dan 1u6s. Studi Molecular docking difokuskan pada dua protein
penting untuk Fatty acid synthesis (FAS) II M.tuberculosis yaitu
Enoyl-ACP Reductase (InhA) sub unit 2x22 dan 3-oxoacyl-[acylcarrier-
protein] synthase III (FabH) sub unit 1u6s. Bagian ligan dan
protein dipisahkan menggunakan software Chimera dan OpenBabel.
Kedua protein tersebut dilakukan molecular docking dengan senyawa
aktif turunan biji dan kulit buah jeruk keprok serta adas bintang.
Software molecular docking yaitu PyRx 0.9.7 dengan metode Vina
Autodock. Hasil Molecular docking diamati menggunakan proteinligand
interaction profiler (PLIP) dan Pymol. Molecular docking
dilakukan untuk mengetahui binding affinity terbaik antara ligan
dengan protein. Hasil analisis menunjukan senyawa kaempherol dan
mairin dalam adas bintang memiliki ikatan afinitas terhadap 1u6s dan
2x22 masing-masing -8,8 Kkal/mol dan -10,1 Kkal/mol. Senyawa
mol001797 dan neohesperidin dalam kulit buah jeruk keprok memiliki
ikatan afinitas terhadap 1u6s dan 2x22 masing-masing -8,0 Kkal/mol
dan -9,9 Kkal/mol . Senyawa EIC dan asam zumarik dalam biji buah
jeruk keprok memiliki ikatan afinitas terhadap 1u6s dan 2x22 masingmasing
-6,9 Kkal/mol dan -6,8 Kkal/mol. Hasil analisis menunjukan
interaksi paling tinggi yaitu antara senyawa mairin dalam adas
bintang dengan protein target Enoyl-ACP Reductase (InhA) sub unit
2x22 sebesar -10,1 Kkal/mol.
References
Bourne PE. (2000). The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. 28: 235-242.
Dallakyan S, and Olson AJ. (2015). Small-Molecule Library Screening by Docking with PyRx.
Methods Mol Biol.1263:243-50.
Dipiro J. T. et al., (2008). Pharmacotherapy A Pathophysiologic Approach. McGraw-Hill
Medical.
He, Xin. et al. (2007). Inhibition of the Mycobacterium tuberculosisenoyl acyl carrier protein
reductase InhA by arylamides. Bioorg Med Chem. 15(21): 6649–6658.
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE.
(2004). UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis. J
Comput Chem. 25(13): 1605-12.
Pusat Data dan Informasi Kemetrian Kesehatan RI. (2016). Tuberkulosis: Temukan Obati
Sampai Sembuh. 1-12.
Ru, J., Li, P., Wang J., Zhou, W., Li, B., Huang, C., Li, P., Guo, Z., Tao, W., Yang, Y., Xu, X.,
Li, Y., Wang, Y., and Yang L. (2014). TCMSP: a database of systems pharmacology
for drug discovery from herbal medicines. J Cheminformatics. 6(1):13. DOI:
10.1186/1758-2946-6-13
Trott O. (2010). The Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute – AutoDock
Vina is an open-source program for doing molecular docking. [cited 2017]. Dapat
diakses pada laman: http://vina.scripps.edu/index.html
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and Schroeder M. PLIP. (2015). fully
automated protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. 43 (W1): W443-W447.
DOI: 10.1093/nar/gkv315.
White, Stephen W. (2005). THE STRUCTURAL BIOLOGY OF TYPE II FATTY ACID
BIOSYNTHESIS. Annu. Rev. Biochem. 74:791–831.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Prastiwi Wulaning Tyas, Broto Santoso
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
