Virtual Docking Kandungan Senyawa Daun Sangketan (Achyranthes aspera) dan Adas Bintang (Anisi Stellati Fructus) terhadap Protein dihydrofolate reductase Memanfaatkan PyRx-vina
Keywords:
PyRx-vina, Mycobacterium tuberculosis, ligand native, dockingAbstract
Pengembangan obat baru dengan initial docking senyawa alam dari
tanaman yang memiliki potensi sebagai obat untuk TB menjadi salah
satu alternatif yang dapat dilakukan untuk mencegah masalah MDRTB.
Analisis docking telah dilakukan berdasarkan perolehan binding
affinity dan hasil interaksi ligand-protein menggunakan PyRx-vina,
PLIP dan PyMOL. Skor binding affinity terbaik dari senyawa adas
bintang dan daun sangketan secara berurutan adalah -6,5 kkal/mol
(mol000561) dan -6,6 kkal/mol (mol000511). Hasil ini lebih baik
apabila dibandingkan dengan yang diperoleh oleh ligand native,
yaitu -4,3 kkal/mol. Nilai binding affinity yang lebih kecil ini,
menunjukan bahwa senyawa target dari adas bintang dan daun
sangketan lebih mudah berikatan pada protein target TBC 4KL9
karena energi yang dibutuhkan untuk berikatan lebih kecil. Energi
yang lebih kecil ini memungkinkan senyawa target digunakan untuk
menargetkan protein target TBC 4KL9.Hasil visualisasi dengan
PLIP menunjukan adanya kesamaan interaksi antara ligand native
dan molekul target yaitu ikatan hidrofobik pada 8GLN dan 131LEU.
Kesamaan interaksi ini menunjukan bahwa senyawa target dapat
berinteraksi dengan protein target TB 4KL9 pada kedua asam amino
tersebut. Semakin banyak interaksi yang terjadi menunjukan semakin
poten pula senyawa target sebagai salah satu alternatif dalam
pengobatan TB.
References
heterostyrylbenzimidazoles as inhibitors of cell wall protein synthesis’, Chemistry
Central Journal. Springer International Publishing, 11(1), pp. 1–11. doi:
10.1186/s13065-017-0295-z.
Berman HM, Westbrook J, Feng Z, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H, Shindyalov IN, and B. P.
(2000) ‘The Protein Data Bank.’, Nucleic Acids Research., 28, pp. 235–242.
Ekins, S. et al. (2017) ‘Machine learning and docking models for Mycobacterium tuberculosis
topoisomerase I’, Tuberculosis. Elsevier Ltd, 103, pp. 52–60. doi:
10.1016/j.tube.2017.01.005.
Islam, M. M. et al. (2017) ‘Drug resistance mechanisms and novel drug targets for tuberculosis
therapy’, Journal of Genetics and Genomics. Elsevier Limited and Science Press, 44(1),
pp. 21–37. doi: 10.1016/j.jgg.2016.10.002.
Kumar, A. and Londonkar, R. (2011) ‘Potential Antibacterial and Antifungal Activity of
Achyranthes aspera L.’, Recent Research in Science and Technology, 3(4), pp. 53–57.
Kumar, A. and Mishra, K. K. (2017) ‘Phytochemical & Pharmacognostical Profile of
Achyranthes aspera’, 6(5), pp. 394–398.
Kumar, M. et al. (2017) ‘Comparative evaluation of in vitro antibacterial activity of several
extracts of Achyranthes aspera , Azolla pinnata , Cissus quadrangularis and Tinospora
cordifolia’, 5(1), pp. 154–157.
Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, F. TE (2004)
‘UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis’, J
Comput Chem, 25(13), pp. 1605–12.
Salentin S, Schreiber S, Haupt VJ, Adasme MF, and S. M. (2015) ‘PLIP: fully automated
protein-ligand interaction profiler’, Nucl. Acids Res, 43 (W1), pp. W443–W447. doi:
10.1093/nar/gkv315.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Aulia Rahman, Broto Santoso
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
